慶雲宮主祀玉皇上帝，其開基神尊三尊，信徒稱之為「天公大帝」，「大天公」騎麒麟，「二天公」騎白馬，「三天公」騎青獅，此三尊神尊現安奉於正殿神龕。迨清道光年間創建天公廟，其鎮殿神尊為黧面，因有「黑面天公」之稱，此即神威顯赫、聲聞全臺之「大里天公」，現安奉於凌霄寶殿。

　　慶雲宮之正殿，左龕主祀水仙尊王，右龕主祀福德正神。聖母殿主祀天上聖母，左右龕所祀與正殿同；太歲神位安奉於聖母殿。凌霄寶殿之玉皇殿，左龕主祀南斗星君，右龕主祀北斗星君；玉皇殿又陪祀以三官大帝、三恩主 ( 關聖帝 君、孚佑帝君、 司命真 君 ) 、太 陽星 君、太陰星君、五穀先帝、中壇元帥等。而托塔天王、二郎神二鎮廟神將，除矗立於凌霄寶殿之鐘鼓樓閣上，又與王靈官、馬靈官鎮守於玉皇殿內；至千里眼、順風耳，則陪侍天上聖母，分立於聖母神尊前之左右。